医学光电科学与技术教育部重点实验室暨福建省光子技术重点实验室设立于福建师范大学光电与信息工程学院内，2005年和2003年批准立项建设，2007年和2008年通过验收。主要研究方向：光谱与光学超分辨成像技术、光子诊断与治疗技术、信息技术光学及其医学应用等。实验室总面积3300平方米，仪器设备原值5610万元。实验室拥有“光学工程”和“物理学”一级学科博士点，拥有“光学”、“生物医学工程”和“光学工程”等9个硕士学位点，拥有教育部科技创新团队。
2012-2016年度，重点实验室承担的科研项目152项。新增立项的科研项目中，前25项重点项目的科研经费总计6658.7万元。2012-2016年度，重点实验室在国内外学术会议、刊物发表论文452篇，被SCI收录246篇，EI收录206篇；获得29件国家发明专利授权，其中，包括1件美国发明专利；参与2项企业标准制定；为福建省政府提供政策咨询1项。
实验室固定人员42人，其中，博士生导师13人，教授17人，副教授16人，讲师6人，平均年龄44.6岁，40岁以下(含40岁)年青教师占比45%。实验室固定人员中，国家级有突出贡献中青年专家1人、国务院政府特殊津贴专家4人、全国优秀教师2人、全国优秀科技工作者2人,实验室拥有一支稳定的可持续开展本领域前沿科研的学术梯队。
重点实验室设备总值5610万，2012-2016年度，重点实验室新增科研设备投入经费总计2660万元，加强在重点研究方向的投入，建设5个高水平国际领先的超分辨光学检测科研平台，包括：包括受激发射损耗超分辨与荧光相关光谱融合技术(STED-FCS)平台、结构光照明与原子力显微成像技术(SIM-AFM)平台、光微流微腔生物纳米成像技术平台、FRET显微成像与光谱探测技术和Airyscan超分辨光学显微成像系统；研制出综合采用拉曼光谱、白光成像与荧光成像相结合的鼻咽癌活体检测设备，已经在临床开展研究。
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| 结构光-原子力显微成像实验室 | | 高时空分辨光学检测与成像实验室 |
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| 光声成像系统 | | 单线态氧时间分辨检测系统 |
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| 搭建成功鼻咽内窥镜多光谱检测系统 |
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